پس از انحراف مسیر حرکت جنبش عدالتخانه از مسیر حضرت عبد العظیم به سفارتخانه انگلستان و تبدیل این نهضت به نهضت مشروطه توسط روشنفکرانی ایرانی ـ انگلیسی، این جریان با هدف مشروعیت بخشیدن به حرکت های سیاسی خود به سراغ برخی فضلا و فرهیختگان جامعه رفته و با گرفتن چهره حق مدارانه، حرکت های ضد دینی مطبوعات را مطالبات مردم و آن را حرکتی گذرا در مرحله "گذار" از دوره استبداد تا رسیدن به آزادی مشروع و قانونی معرفی کرده، به تصویر می کشیدند و فضلای حوزه و فرهیختگان جامعه را به بهبود وضعیت موجود امیدوار می کردند.
اما همراهی برخی از علما با این حرکت موجب نشد تا شهید شیخ فضل الله نوری از انحراف در مشروطیت بگذرد، چنانکه وی در موضع گیری شفاف و آشکار اظهار داشته بود که مشروطه ای که از دیگ پلو سفارت انگلیس سر بیرون آورد، به درد ما ایرانی ها نمی خورد، این واقعیت را لمس کرده بود که این ائتلاف پس از بهره برداری لازم از جایگاه اجتماعی و دینی برخی از فضلا و فرهیختگان جامعه، سیاست تخریب پل ها، پس از گذر را به مرحله اجرا در خواهند آورد. از این رو، در هنگام ملاقات آیات عظام طباطبایی و بهبهانی با وی که در اعتراض به روند انحراف در مشروطه بست نشین حرم عبدالعظیم در شهر ری شده بود، به آیت الله بهبهانی هشدار داد تا به تهران باز نگردد و با خواسته های وی و مؤمنین متحصن در صحن همراه شود. در این زمینه، کتاب "شیخ فضل الله نوری در ظلمت مشروطیت" روایت این واقعه و دغدغه های شیخ فضل الله نوری را در مورد برخی از نمایندگان بی دین مجلس و روزنامه های قداست شکن را چنین بیان می کند: «در این دیدار، آقای طباطبایی از شیخ فضل الله پرسید که خواسته های شما چیست؟ شیخ گفت: بارها گفته ام اساس این مجلس و مشروطیت من بودم و هستم و فعلا هم در موضوع مشروطیت و مجلس و نمایندگان حرفی ندارم، در محدود کردن سلطنت و محدودیت ادارات دولتی و اختیارات وزیران حرفی نیست و این مجلس برای ما لازم است، ولی نمایندگان باید مسلمان باشند، اشخاص خارج از اسلام و بهایی نباید نماینده کشور اسلامی باشند. ما حاضریم ثابت کنیم که حدود هفت یا هشت نماینده تهران مسلمان نیستند و باعث هرج و مرج و مخل آسایش مسلمانان هستند، یکی از خواسته های ما اخراج این عده از مجلس است. خواسته دوم ما این است که مشروطیت باید قوانین و احکامش سرمویی با قانون اسلام و قرآن مخالفت نداشته باشد، ما در این نوع مشروطیت هیچ حرفی نداریم. سومین خواسته ما این است که آزادی به صورت مطلق و کامل نادرست و کفر است. آیا آزادی قلم برای این است که مطبوعات نسبت به ائمه علیهم السلام هرچه می خواهند بنویسند؟ مگر شما روزنامه ها را نمی خوانید؟ در این موقع شیخ فضل الله روزنامه شماره 13 "کوکب دری" را که در آن به ائمه اطهارعلیهم السلام توهین شده بود به آقای طباطبایی داد و او با خواندن مطالب توهین آمیز آن به گریه افتاد. شیخ فضل الله گفت: اگر امروز جلو این جراید را نگیریم، مورد خشم خدا و رسولش خواهیم بود. آقای طباطبایی گفتند: مطالبی که شما فرمودید، تمام آنها بیان واقعیات است. ولی امروز کار این طور پیش آمد و چون اول کار است اگر ما امروز در مقام اصلاح برآییم و بخواهیم وضع موجود را تغییر دهیم، فتنه و شورش بزرگی به وجود می آید و دولت و ملت دچار رنج و خطر می شوند، پس بر ما لازم است که این معایب را به مرور زمان و با کمک و همکاری یکدیگر برطرف کنیم. شیخ در پاسخ گفت: اکنون که این افراد مخالف قدرت ضعیفی دارند، اگر نتوانیم وضع را اصلاح کنیم فردا که قدرت پیدا کردند، هرگز نخواهیم توانست وضع را تغییر داده و اصلاح کنیم. ما را به حال خود بگذارید و بروید زیرا با این وضع آمدن ما میسر نیست، اما این را به شما بگویم که اگر قصد اصلاح داشته باشید، بدانید که تا آن وقت آن ها شما را به خاک سیاه خواهند نشاند. آقای طباطبایی گفت: شما به شهر بیایید، من ضامن می شوم که مجلس خواسته های شما را انجام دهد. شیخ فضل الله گفت: شما به شهر بروید و این ها را در مجلس مطرح کنید، اگر مجلس خواسته های ما را انجام داد ما خود به شهر باز خواهیم گشت. دو سید پس از ناامیدی از بازگشت شیخ فضل الله از اتاق خارج شدند «وقتی مرحوم آقا سید عبدالله از اتاق خارج شد، در اتاق با دست انداخت و شال کمر شیخ را گرفت، گفت: «آقا برویم شهر، شق عصای مسلمین نکنید.» مرحوم شیخ فرمود: «جناب آقا اگر از من می شنوی شما اینجا بمانید، سه مرتبه فرمود: والله، والله، والله مسلم بدان که هم مرا می کشند و هم تو را. اینجا بمانید تا یک مجلس شورای ملی اسلامی درست کنیم و از این کفریات جلوگیری کنیم.» سید گفت: نه چنین نیست. شیخ گفت: اکنون باشد، معلوم شما خواهد شد. دو سید پس از رفتن از نزد شیخ فضل الله به اتاق خادم حرم رفتند. یکی از نمایندگان همراه آن ها گفت: شما این همه با شیخ فضل الله صحبت کردید، دیدید که سخنان او همه پسندیده و نیکو است. اگر انصاف باشد، باید به سخنان او توجه کرد و با او همراهی نمود. تمام هدف او ترویج اسلام است. آقای بهبهانی گفت: با این که سخنان شیخ همه صحیح است و جوابی ندارد اما اگر بخواهیم از این مجلس صرف نظر کنیم، باید در مقابل ملت بایستیم و این موجب بحران و شورش می شود. پس امروز موقع این حرف ها نیست و باید با گذشت زمان وضع موجود را اصلاح کرد.» خیلی زود پیش بینی شیخ فضل الله به واقعیت پیوست، نخست وی در میان سوت و کف کوفی صفتان تاریخ بر چوبه دار رفت و چند ماه بعد آیت الله بهبهانی ترور شد و آیت الله طباطبایی در انزوای حاصل از فضاسازی مشروطه‌خواهان انگلیسی، دار فانی را وداع گفت. کلام رهبر فقید انقلاب اسلامی در باره عبرت از وقایع مشروطیت: "اگر روحانیون، خطبا، نویسندگان و روشنفکران متعهد سستی کنند و از قضایای مشروطیت عبرت نگیرند، به سر این انقلاب آن خواهد آمد که بر سر مشروطیت آمد» (صحیفه نور، ج 15، ص 203 )
